当检察院发现有被羁押人员存在超期羁押的情况时，应立即采取相应的措施进行处理。具体措施如下：

　　1. 及时向有关部门通报情况。检察院应及时向公安机关、法院等有关部门通报发现的超期羁押情况，要求其依法进行调查和处理。

　　2. 督促公安机关立即释放被羁押人员。一旦发现被羁押人员存在超期羁押情况，检察院应立即督促公安机关依法释放被羁押人员，并确保其人身安全。

　　3. 调查超期羁押的原因和责任。检察院应对超期羁押的原因和责任进行调查和核实，对违法超期羁押的公安机关和执法人员进行追责问责，以保障被羁押人员的合法权益。

　　4. 督促公安机关改进羁押管理制度。检察院应督促公安机关加强羁押管理制度建设，确保羁押程序合法、规范，避免超期羁押等违法行为的发生。

　　总之，当检察院发现超期羁押的情况时，应及时采取措施处理，保障被羁押人员的合法权益，维护司法公正。如果大家还有其他法律问题，欢迎咨询北京刑事辩护律师，北京刑事辩护律师会为大家进行专业的解答。